跨境并購的交易架構可簡單劃分為直接投資架構和間接投資架構。相對于直接投資架構，間接投資架構是指投資者在境外投資時，通過其他國家或地區設立的中間控股公司間接持有投資地公司的投資模式，間接投資架構模式擁有以下優勢，海外投資時多選擇使用間接投資架構，具體包括：
1、規避嚴格法律管制的需要
比如具有國資背景的中資企業在投資時，通常面臨標的所在國嚴格的審查和監管，因此需要設計收購主體以求某種程度上規避監管。又比如，在投資退出時，可以采取在境外轉讓中間控股公司股權的方式，而避免投資地國所在地嚴格的法律管制。
2、設立投融資平臺的需要
跨境投資企業可以選擇合適的注冊地進行投融資，以達到降低融資成本，統籌資金的目的。
3、享受稅收優惠的需要
通過選擇與投資者所在國簽署有稅收協定的國家和地區，享受股息和財產轉讓收益的優惠稅率。
4、資本、資金流動的需要
將注冊地選為日常經營或貿易中資金流動限制較少或者幾乎沒有限制的地區，減少外匯管制，如我國的自貿區。
5、隔離風險的需要
基于中間控股公司獨立法人人格，可以一定程度上有效隔離標的不良資產、債務風險以及破產風險等。
6、保留控制權的需要
通過多層架構設計可以根據買家需要設計融資手段，并保留買家控制權。
正是基于以上原因，間接投資架構成為大型海外并購的首選，在實踐中，需要根據實際情況對股權架構進行規劃和設計。
出于以上多方面以及信息披露等因素的考慮，跨境并購的交易方往往會設計很復雜的跨境交易架構，其可以簡單概括為三個層級，包括最上面的投資層、中間控股層以及下層的實體經營層。
投資層，主要是最終投資人或受益人，但并非只有這一層，基于股東背景保護、遺產繼承等因素可能也會構建一些離岸公司或離岸信托計劃以及基金公司等。
中間控股層，主要用作為投資者和下層實體經營層之間的協調機構，根據實際需要也可能為多層架構，其設計需要考量很多因素，將在下面重點說明。
實體經營層，可以由境外的中間控股公司直接持有，也可以通過在標的國當地設立本地控股公司持有該實體經營層企業股權。
在設計中間控股層時需要考慮很多因素，以下逐一簡要進行說明。
1、基于地域或功能方面的考量。如在某一地區設立控股總部或者事業部總部。
2、基于分業經營的方面的考量。為了便于獨立核算或者方便重組資產，如設立上層控股公司后，由于考慮了分業經營，不需要將實體經營公司進行資產剝離，只需要轉讓上層公司的股權即可。
3、基于隔離風險的方面的考量。如實體企業發生破產清算或債務糾紛，由于已經采用了中間控股的方式持有該實體企業，因此不會波及到其他產業。
4、基于稅務因素方面的考量。中間控股層的最低層級一般需要考慮稅務因素：
※ 一是要選擇與實體公司所在國簽署有避免雙重征稅的稅收協定的國家和地區設立控股公司，這樣可以享受資本預提所得稅的稅收優惠；
※ 二是在標的所在國之外轉讓股權可以享受稅收優惠待遇。
5、基于投融資方面的考量。中間控股層往往會有一個控股公司作為標的的融資平臺或者是上市投融資平臺。
6、基于控制權方面的考量。比如通過設置中間控股層達到融資目的，掌握標的公司控制權。
7、基于其他方面的考量。如股東利益的平衡、資管計劃需要等。
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